在魔兽争霸3中，对付对手的船只可以采取以下几种策略：
吸引注意力并分散火力
使用英雄带几个弓手去上面保护大部队去上面消灭敌人。关键在于要在敌人毁灭船只之前吸引他的注意力。弓箭手可以攻击海上的怪物，而英雄和女猎则承受地面上的怪物伤害。通过不断吸引敌人注意力并分散其火力，可以有效地保护自己的船只不被破坏。
使用飞艇进行对抗
购买飞艇并利用其空中优势进行进攻。当对手准备通过飞艇突袭时，也可以采取同样的方式去进攻对手，或者用飞艇来跟踪对手的飞艇，掌握对手的动态，从而防备对手的突袭。需要注意的是，在对抗纯粹的空中运输单位飞艇时，要多注意防御，避免被对手降落后击杀。如果有资源和人口，可以招募防空部队来限制飞艇。
建造防御塔
如果资源、时间与精力有限，可以在家中建造防御塔。将防御塔建在基地外围，用以限制飞艇的到来，无论是直接限制对手的飞艇，还是限制飞艇空投下来的单位，效果都不错。
摧毁对方基地
在某些情况下，可以通过摧毁对方的主基地（城堡）来迫使对方撤退，从而间接地保护自己的船只。例如，在剧情任务中，可能需要带领一队船摧毁人类的跑船。
使用特定单位和技能
火枪手、弓箭手等可以对空的地面穿刺单位；科技蜘蛛、狼骑兵等带有控制技能的地面单位和角鹰兽、飞机等空战单位，在针对飞艇上都有着不错的表现。角鹰兽和飞机等空战单位的实战表现比地面单位更好一些，但同时也存在一些缺陷。
综合以上策略，可以根据实际情况选择最适合自己的方法来对付对手的船只。
